萧芳芳在八十年代港产片兴旺年代,再度创出辉煌成绩。1988年她以《不是冤家不聚头》获得香港电影金像奖最佳女主角奖;1995年她凭《女人四十》(1995年)获得同一殊荣,并获得香港电影金紫荆奖、香港电影评论学会、柏林影展银熊奖及台湾金马奖最佳女主角奖。同年亦为她赢得亚洲电影人协会颁赠“最高成就奖”,而《虎度门》则获亚太影展及台湾金马奖最佳女主角奖。因着多年来演出成就,1997年萧芳芳获颁英女皇MBE勋衔及香港艺术家年奖。2000年后萧芳芳受耳患困扰,使身体状况欠佳,因而减少演出专注进修,取得了儿童心理学硕士学位。1998年,她创立了护苗基金,积极宣传“保护儿童免受性侵犯”的讯息。2011年,萧芳芳获得第28届香港电影金像奖颁奖典礼终身成就奖,以表扬其善用天赋的才华为香港电影界作出杰出贡献。